標準內窺鏡監視器清洗首先包括床頭清洗，通過各種通道或端口的清潔劑抽吸，去除可見的贓物和血液。隨后，通過額外的擦洗和沖洗通道以手工清洗鏡子。然后，應用消毒（HLD），通常使用自動洗衣機清洗，并在垂直位置晾干以避免液體淤積。手工清洗是必要的，因為生物膜和碎片會妨礙消毒（HLD）正常工作。

手工清洗內窺鏡監視器之后，所有可見臟物被清洗，但根據至少一個快速指標來看，82%的內窺鏡仍然是陽性的。在200個相對光單位閾值之上的ATP升高通常出現在活組織檢查端口（64%）和在抽吸通道（41%）。蛋白質和血液指標的功效似乎微乎其微，因為低ATP水平的內窺鏡中，只有2個蛋白質指標陽性，0個血液指標陽性，所以這可能表明：僅僅ATP可能就足以評估清洗的有效性。

充足的內窺鏡監視器清洗是必要的，并且目前推薦的評估方法是目視檢查。雖然目視檢查能夠識別可能較高ATP水平的內窺鏡，但是這項研究表明：盡管在手工清洗去掉所有的可見臟物之后，顯著的生物負載仍然存在，特別是那些難以視覺發現和清洗的地方，例如：活組織檢查端口和通道。