常熟市中醫院始建于1958年，2003年和常熟市婦幼保健院合并，整體搬遷至常熟市黃河路6號。2006年，醫院成為南京中醫藥大學附屬醫院。2012年成功創建三級乙等中醫醫院。
現醫院占地總面積8.7萬平方米，建筑面積10.3萬平方米。2017全年門急診量116.8萬余人次，同比增長5.1%；出院病人4.1萬余人次，同比增長3.77%；分娩數7374例，分娩率占全市分娩總數的57%，醫院綜合能力逐年穩步提升。
醫院現有在編職工1056名，其中衛技人員987名。具備高級職稱197人，中級職稱401人，博士5人、碩士108人。醫院注重學科建設和人才培養的有機結合，開展江蘇省老中醫藥專家學術經驗繼承、名中醫師帶徒、西學中在職培訓等活動，鼓勵教學研并舉，提高衛技人員能力和水平。現有省名中醫3名（周本善、李葆華、邵亨元），市名中醫9名（熊秀萍、張小龍、方平、陳曉、龔雪康、翁立平、何煒、邵晨東、高磊平），江蘇省“333高層次人才培養工程”培養對象1名（王強），“姑蘇衛生重點人才”1名（季利江）。
