醫用內窺鏡是胃腸道病檢查的重要工具，臨床通過胃鏡對患者的食道、胃或十二指腸病變進行觀察，為醫生提供診斷的依據，是目前可靠的方法。對于肺癌、支氣管病等呼吸道病，有專門的支氣管鏡、胸腔鏡和縱隔鏡等內窺鏡，金屬硬管式氣管鏡只用于小兒氣管異物的取除。另外對于胰腺、膽道、肝臟、尿道等等的病也有著專門的內窺鏡來做身體檢查。

醫用內窺鏡可以經口腔進入胃內或經其他孔道進入體內，從而看到X射線看不到的病灶實景情況，使得醫生跟好的了解潰爛或瘤的位置、大小等信息，據此制定出好的方案。

利昂醫療的總工程師表示近些年來，隨著各立體定向儀、外科設備和影像技術的不斷發展，神經內窺鏡手術已經成為了神經外科的一個重要的發展方向，引起了醫務人員的高度重視，在臨床上的應用價值也越來越大。